En el universo de BALDR FORCE EXE la tecnología se ha desarrollado hasta el punto que se creó el mundo cibernético al que le llaman "Wired",al cual uno puede entrar usando un chip implantado en el cerebro que es desarrollado por la VSS,las nuevas tecnologías incluyen unos mechas cibernéticos llamados "Simulacrum" con los cuales se puede hackear y luchar en el mundo Wired, pero no todo es perfecto, en los años han ocurrido incidentes de hackeos que han borrado ciudades enteras y han dejado a personas en estado suspendido al "desaparecer" sus conciencias del mundo Wired, también corre un rumor de que muchas veces en varios sitios, se ha visto a una chica de pelo azul la cual no da señales en ningún detector y puede entrar a cualquier servidor no importa que seguridad tenga, a esta entidad se le llamo "Wired Ghost" y no se conoce nada de ella.

La historia se centra en Tooru Sōma,un hacker del grupo Steppen Wolf. Un día el líder de Steppen Wolf Yuuya Nonomura decide de que es hora de que Steppen Wolf se disuelva, pero el grupo decide de que harán una ultima misión extrema de despedida, ingresan a uno de los servidores de FLAK para probarse a sí mismos, pero tienen la mala suerte de que en el momento que ellos estaban ahí empieza un ataque terrorista, un Simulacrum blanco de FLAK encuentra a Yuuya y Tooru y los ataca, Yuuya muere en ese combate y Tooru al desconectarse se encuentra con la sorpresa de que la policía había capturado a todos los miembros de Steppen Wolf. Tooru es interrogado por la policía hasta que llega el capitán del 1er pelotón de FLAK,Souji Yagamizawa, le ofrecerá a Tooru olvidarse del crimen que cometió al haber hackeado uno de los servidores de FLAK si se une a ellos, Tooru se unirá con la condición de que sus amigos queden en libertad, además el tiene la intención de encontrar al culpable de la muerte de Yuuya y tomar venganza. Tooru entrara al Chat Room que usaban siempre los miembros de Steppen Wolf, pero queda impresionado al ver que una chica de pelo azul duerme placidamente en ese lugar que el había cerrado para que nadie entrara, ella al despertar y ver su cara lo primero que dirá será "Onii...chan" (Hermano),Tooru al no saber quien es ella pregunta su nombre, ella se identifica a sí misma como Ren Mizusaka.